Нео нарешті усвідомив свою обраність і готовий прийняти виклики, що чекають попереду. Але у нього немає чіткого плану дій. Лише знищити агентів або звільнити всіх з Матриці недостатньо — необхідно зруйнувати саму систему. Проте, як це зробити, якщо машини контролюють увесь світ і стоять на варті? Допомогти йому зможе Піфія, яка вказує шлях до серця цього віртуального концтабору, де перетинаються сутності Матриці. Щоб здобути свободу для людства, Нео має зрозуміти глибини світу, що став в'язницею для всіх. А тим часом машини усвідомлюють небезпеку, яку несе Нео, і не збираються залишатися осторонь. Проте це лише початок нових випробувань: до гри вступає новий гравець з власними інтересами — старий, але жорстокий ворог. Чи зможе Нео подолати всі перепони та зламати систему? Ця битва тільки розпочинається!