Бато – кіборг, який виконує обов'язки слідчого в антитерористичному центрі поліції. На перший погляд, він виглядає як звичайна людина зі світлим, але штучним розумом і всіма необхідними частинами тіла. Єдине, що залишилося в ньому від минулого – туманна пам’ять про кохану дівчину на ім'я Мотоко Кусанагі. Разом з колегами з підрозділу боротьби з тероризмом Бато розпочинає розслідування серії вбивств, скоєних кіборгами, що були вірні своїм власникам. Під час розслідування він виявляє дивну закономірність: усі злочини були скоєні експериментальними роботами, створеними компанією locus solus. Ця таємниця веде до заплутаного світу технологій і моралі, де межа між людською сутністю та машиною розмивається.