Фільм «Мюнхен» відкривається шокуючим нападом терористів з угрупування «Чорний вересень» на ізраїльських спортсменів під час Олімпіади 1972 року. Ізраїльська влада швидко реагує: прем'єр-міністр доручає Авнеру, колишньому охоронцю Меїра та спецагенту Моссада, очолити команду, що має виявити і знищити всіх, причетних до цього жахливого теракту. Авнер отримує фінансування на свої операції, і починає активну гру, спокушаючи злочинців на співпрацю за гроші. Завдяки цим зв'язкам він виходить на ключову фігуру — Луї, який має цінну інформацію. По мірі того, як команда ліквідує один за одним терористів — від вибухів до загадкових зникнень — ситуація стає дедалі напруженішою. В той же час Авнер втрачає своїх товаришів, адже вороги не сидять склавши руки. Переміщуючись з країни в країну, команда наближається до своїх цілей, а Авнер міркує про своє особисте життя: його дружина та новонароджена донька вже в Штатах, і він замислюється про те, чи варто йому приєднатися до них…