У фільмі «Меркурій у небезпеці» таємна урядова організація роками працює над складним алгоритмом для оборонних відомств. Витрачені ресурси та зусилля найкращих вчених нарешті приносить результат – з’являється надійна програма, яка стає гордістю команди. Але маленький геній Саймон без труднощів розшифровує код «Меркурій», ставлячи під загрозу всю роботу спецслужб. Пафосний куратор проекту Нік Кудроу не може пробачити такого провалу і вирішує усунути хлопця. У цей час колишній агент ФБР Джеффріс, який давно вийшов у відставку, страждає від тиші та бездіяльності. Дізнавшись про підступні плани бюро, він наважується втрутитися. Протистояти своїм колишнім колегам виявляється не так легко, адже довіряти їм — небезпечно. Тепер доля хлопця у руках незвичного захисника, готового ризикнути всім ради справедливості.