Нано — 12-річний хлопець, який хоч і невисокого зросту, але впевнений у собі та обожнює кататися на скейтборді по місту. Він справжній розумник, та особливо захоплюється біологією. Проте, його однокласники не дають спокою — через зріст дразнять і не дають можливості постояти за себе. Його дідусь працює на загадкового професора Шлоттера, який у своєму замку таємно відтворив винахід доктора Ікс і його компаньйона Мікро Мінітекта. Це — мікроскопічна капсула, здатна подорожувати всередині людського тіла, щоб лікувати або навіть контролювати його зсередини. Саме в цей момент розпочинається захоплива пригода Нано та його подруги Ліллі. Ставши зменшеними бодінами, вони вирушають у подорож всередину тіла дідуся, щоб знайти Гобота — небезпечного асистента професора, який може зашкодити всім.