Доктор Карл Майя знаходить вражаючі скам'янілі рештки, що стає поштовхом для групи дослідників на чолі з Девідом Рідом вирушити в захоплюючу подорож вниз по Амазонці. Їхня мета – відшукати інші подібні знахідки, проте спочатку їх переслідує невдача. Все змінюється, коли вони дізнаються про Чорну Лагуну, де, за словами легенд, можуть ховатися незвичайні скам'янілості. На їхнє здивування, вони знаходять не лише рештки, а й живу доісторичну істоту — своєрідну напівлюдину, напівземноводного рептилію, яка не бажає, щоб її турбували. Стосунки у групі з істотою ускладнюють, коли вона бере в полон Кей Лоуренс, щоправда, з якою у неї налагоджується особливий зв'язок. Але на цьому історія не закінчується: істота оголошує війну вченим, заважаючи їм покинути лагуну. Тепер їм доведеться знайти спосіб вижити у світі, де їхня наука зустрічається з первісним інстинктом.