Історія розпочинається з принца Таміно, який утікає від змія і опиняється на території загадкової Цариці Ночі. Вона просить його звільнити свою доньку Паміну, яка, за її словами, потрапила в полон до лютого жреца Зарастро. На допомогу Таміно дають чарівну флейту, а його товаришу, птахолову Папагено, – магічні дзвіночки. Однак згодом стає зрозуміло, що Зарастро не є лиходієм, а мудрим хранителем світла, який насправді захищає Паміну від темряви планів її матері. Таміно та Паміна проходять через численні випробування, щоб довести свою любов та щирість намірів. Завдяки силі музики та безумовній відданості вони здолають страхи та спокуси, які постають на їхньому шляху.