Фільм «Агора» занурює нас у вир подій Олександрії 391 року нашої ери, коли місто стало ареною релігійних змін і політичних перетворень. У той час Олександрія славилася як осередок знань, де зберігалися стародавні сувої, а філософія процвітала. Серед викладачів унікальною постаттю була Гіпатія — жінка, яка не лише читала лекції і писала трактати, а й активно брала участь у політичних дебатах. Проте її прогресивні ідеї викликали опір. Багато противників прагнули зупинити її діяльність, але впливовий префект Орест, який був її учнем, захищав її від нападок. Однак ситуація в місті загострювалася: зростаюче релігійне напруження підживлювалося зовнішніми впливами. Єпископ Кирило, маючи величезну владу, намагався переконати префекта відірватися від Гіпатії й заборонити їй викладацьку діяльність. Вчена опинилася в складній ситуації, зважуючи між прийняттям нового порядку і відстоюванням своїх ідей, що могли коштувати їй життя.